在Hadoop文件系统（HDFS）中，删除目录的命令是：
```shell
hadoop fs -rm -r
```
或者使用新版本的命令行工具`hdfs`代替`hadoop`：
```shell
hdfs dfs -rm -r
```
这里，`-rm` 表示删除，`-r` 是递归删除的意思，用于删除目录及其下所有文件。`
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